Klinik Mikrobiyoloji Laboratuvarında amaç; enfeksiyon hastalıklarına olabildiğince çabuk ve doğru tanı koymak için klinisyenle işbirliği yaparak ona ve hastaya yardımcı olmaktır. Mikrobiyologların bu nedenle hastalara ve klinisyen hekimlere karşı sorumlulukları büyüktür. Bunun dışında Mikrobiyoloji Laboratuvarı sorumlularının, hastanede enfeksiyon kontrolü yapan uzmanlara yardımcı olmak, onları hastane enfeksiyonlarına karşı uyarmak görevleri vardır.

Enfeksiyon hastalıkları çabuk seyredebilen ve kısa sürede hastanın yaşamını tehlikeye sokabilen hastalıklardır. Bu nedenle laboratuvar incelemelerinin olabildiğince hızlandırılması, alınan ilk olası sonuçların klinisyene bildirilerek yapılan tedavinin yönlendirilmesine yardımcı olunması büyük önem taşır. Laboratuvara gönderilen materyalin amaca uygun olup olmadığı noktasından başlayarak sonuçların verilmesine kadar klinisyenlerle gerekli diyaloğun sürdürülmesi önemlidir.